Satu tahun setelah MRBJ berdiri, tepatnya pada 1998, MRBJ menyelenggarakan pembelajaran Qur’an untuk siswa Sekolah Dasar (SD). Saat ini terdapat 670 santri SD/SMP mengikuti Taman Pendidikan Qur’an (TPQ) yang dibimbing oleh 65 ustadz/ustadzah dengan metode tilawati yang diajarkan setiap hari Senin-Jum’at mulai dari ba’da Ashar sampai jelang waktu Maghrib. 

Pembelajaran Qur’an untuk umum (semua usia) juga diselenggarakan melalui Forum Halaqah Qur’an (FHQ) pada hari Sabtu dan Ahad yang diikuti oleh 700 santri. Sedangkan penyelenggaraan pendidikan formal KB/TK Islam dimulai sejak 2 Agustus 2021. Program pendidikan yang diselenggarakan tidak semuanya dikelola sendiri oleh MRBJ.

Untuk tingkatan sekolah SD, SMP, dan SMA / SML, MRBJ bekerjasama dengan yayasan pendidikan, baik bersifat yayasan sosial milik warga maupun milik masjid. Kerjasama operasional dengan Rumah Tahfidz Maskanul Huffadz, MRBJ menyediakan fasilitas rumah tahfidz beserta infrastrukturnya di area Bintaro Sektor 5. Dengan 24 santri dan 6 musrif, rumah Tahfidz Maskanul Huffadz Ichwan MRBJ diselenggarakan sejak 2 Oktober 2022. Pendidikan di MRBJ merupakan cita-cita bersama untuk menjadikan masjid MRBJ sebagai Universitas Kehidupan.