Dalam upaya membangun kemandirian operasional masjid dan penyediaan fasilitas bermuamalah bagi umat, MRBJ membangun dan mengoperasikan fasilitas muamalah. Zona Muamalah ini memiiki Ruang Serba-Guna, yang dapat digunakan untuk acara akad-nikah dan resepsi, wisuda, dan event lainnya, dengan kapasitas mencapai 800 orang. Ruang Creative Hub, yang berada di Zona Muamalah, juga dapat difungsikan sebagai ruang rapat, pelatihan, majelis ilmu, maupun focus group discussion. Zona Muamalah dilengkapi dengan fasilitas café, co-working space, food-court dan fresh market, yang sepenuhnya dikelola oleh manajemen masjid.

Adalah bagian dari membangun ekosistem ekonomi umat, MRBJ bekerjasama dengan sejumah pesantren dan jamaah untuk mendistribusikan produk-produk mereka, diantaranya beras, buah-buahan, domba dan juga sapi. Kerjasama ini berupa investasi berbasiskan wakaf produktif maupun menjadi “off-taker” dari produk-produk pesantren maupun jamaah tersebut.